Sekretariat   mempunyai tugas menyiapkan bahan perumusan kebijakan di bidang rencana kerja, monitoring dan evaluasi, pengelolaan keuangan dan aset, administrasi kepegawaian dan umum, serta bertanggungjawab memimpin pelaksanaan seluruh kegiatan pelayanan dan administrasi di lingkungan Badan Perencanaan Pembangunan Daerah.

Sekretariat mempunyai fungsi:

1. penyusunan program kerja di lingkungan sekretariat;
2. penyiapan bahan dan perumusan kebijakan di bidang penyusunan rencana kerja, monitoring dan evaluasi, umum dan aparatur, serta pengelolaan keuangan dan aset;
3. pengkoordinasian dan fasilitasi terhadap penyusunan rencana kerja, monitoring dan evaluasi, umum dan aparatur, serta pengelolaan keuangan dan aset;
4. pemberian dukungan pelayanan administrasi penyusunan rencana kerja dan monev, umum dan aparatur, serta keuangan dan aset di lingkungan Badan Perencanaan Pembangunan Daerah;
5. penyelarasan dan kompilasi penyusunan rencana kerja di lingkungan Badan Perencanaan Pembangunan Daerah sesuai peraturan perundang-undangan yang berlaku;
6. penyelenggaraan urusan dan pelayanan di bidang rencana kerja, monitoring dan evaluasi, pengelolaan keuangan dan aset serta umum dan aparatur di lingkungan Badan sesuai peraturan perundang-undangan;
7. pengawasan terhadap pelaksanaan tugas dan fungsi di lingkungan sekretariat;
8. pemberian saran dan pertimbangan kepada kepala Badan berkenaan dengan tugas dan fungsi di bidang sekretariat;
9. pelaksanaan monitoring, evaluasi dan pelaporan terhadap pelaksanaan tugas dan fungsi di lingkungan Badan Perencanaan Pembangunan Daerah;
10. pelaksanaan tugas lain di bidang kesekretariatan yang diserahkan oleh Kepala Badan sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Sekretariat membawahi:

1. Sub Bagian Umum dan Aparatur;
2. Sub Bagian Keuangan dan Aset.

Sub Bagian dipimpin oleh seorang Kepala Sub Bagian yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Sekretaris.